A Kincstár, mint közreműködő szervezet a területfejlesztési támogatási rendszer működtetésében az alábbi jogszabályoknak megfelelően vesz részt:
- a vállalkozási övezetek támogatására irányuló célelőirányzat felhasználásának részletes szabályairól szóló 4/2003. (V. 8.) MeHVM rendelet,
- a kistérségi támogatási alap célelőirányzat felhasználásának részletes szabályairól szóló 5/2003. (V. 20.) MeHVM rendelet,
- a térség- és településfelzárkóztatási célelőirányzat felhasználásának részletes szabályairól szóló 27/2003. (III. 4.) Korm. rendelet,
- a területfejlesztési célelőirányzat felhasználásának részletes szabályairól szóló 26/2003. (III.4.) Korm. rendelet
- a terület- és régiófejlesztési célelőirányzat felhasználásának részletes szabályairól szóló 90/2004. (IV. 25.) Korm. rendelet (továbbiakban: 2004-2006. évi Rendelet),
- a 2008. évi terület- és régiófejlesztési célelőirányzat felhasználásának részletes szabályairól szóló 148/2008. (V. 26.) Korm. rendelet (továbbiakban: 2008. évi Rendelet),
- az egyes 2009. évi decentralizált önkormányzati fejlesztési és területfejlesztési célú, valamint egyes 2009. évi központi előirányzatok felhasználásának részletes szabályairól szóló 85/2009. (IV. 10.) Korm. rendelet (továbbiakban: 2009. évi Rendelet),
- a területfejlesztéssel és fejlesztéspolitikával összefüggő feladatokat szolgáló előirányzat 2011. évi felhasználásának részletes szabályairól szóló 35/2011. (VII. 7.) NFM rendelet,
- az egyes területfejlesztési és önkormányzati fejlesztési célokat szolgáló hazai támogatási előirányzatokról szóló kormányrendeletek módosításáról szóló 35/2012. (III. 9.) Korm. rendelet (a továbbiakban: 35/2012. (III. 9.) Korm.rendelet),
- a gazdaságfejlesztést szolgáló célelőirányzat 2012. évi felhasználásának részletes szabályairól szóló 43/2012. (VII.19.) NFM rendelet (a továbbiakban: 43/2012. (VII. 19.) NFM rendelet)
Az alábbi előirányzatok esetében lát el - már csak követeléskezelési - feladatokat:
1. Területfejlesztéssel és fejlesztéspolitikával összefüggő feladatokat szolgáló előirányzat (továbbiakban: TFFP) - Központi pályázati rendszerből nyújtott támogatások - vidékies térségekben mikro vállalkozások fejlesztéseinek támogatása
2. Terület- és régiófejlesztési célelőirányzat (továbbiakban: TRFC)
- Központi fejlesztési feladatok
- Vásárhelyi terv továbbfejlesztése
- Decentralizált szakmai fejlesztési programok
- Decentralizált területfejlesztési programok
3. Területfejlesztési célelőirányzat (továbbiakban: TFC)
4. Vállalkozási övezetek támogatása célelőirányzat (továbbiakban: VÖC)
5. Kistérségi támogatási alap célelőirányzat (továbbiakban: KITA)
6. Térség- és településfelzárkóztatási célelőirányzat (továbbiakban: TTFC)
A támogatások kedvezményezettjeivel a Kincstár megvalósítás helye szerinti illetékes vármegyei igazgatóságának Állampénztári Irodája tartja a kapcsolatot.
A követeléskezeléssel kapcsolatos feladatokat az EU Támogatási Főosztály látja el.
Változás a döntéshozatalban
A területfejlesztéssel és a területrendezéssel összefüggő egyes törvények módosításáról szóló 2011. évi CXCVIII. törvény alapján megszűntek a megyei és a regionális fejlesztési tanácsok, a regionális fejlesztési ügynökségek a magyar állam tulajdonába kerültek.
A területfejlesztésről és területrendezésről szóló 1996. évi XXI. törvény 2012. január 1-től hatályba lépett 28. § (1) bekezdése szerint a megszűnő regionális fejlesztési tanács, valamint a megszűnő megyei területfejlesztési tanács jogutódja a területileg érintett megyei önkormányzat, vagyis a területfejlesztési feladatokat 2012. január 1-jétől a megyei önkormányzatok látják el.
Ebből adódóan 2012. január 1-jétől a korábbi évek regionális döntésű területfejlesztési támogatási szerződéseinek módosításával kapcsolatos döntéseket, a szerződésmódosítások aláírását a jogutód megyei önkormányzatok hozzák meg, illetve végzik.
A 35/2012. (III.9.) Korm. rendelet, illetve a 43/2012. (VII.19.) NFM rendelet alapján a pályázati rendszerben vagy miniszteri egyedi döntés keretében nyújtott támogatások esetében a támogatásokkal kapcsolatban felmerülő ügyekben a támogatási döntést hozó szerv feladatait az Államkincstár látja el.