A költségvetési felügyelői rendszer működésének célja hogy a Kormány irányítása alá tartozó központi költségvetési fejezeteknél, a fejezetekhez tartozó szerveknél folyamatos kontroll valósuljon meg a gazdálkodás és a kötelezettségvállalás tekintetében.

A költségvetési felügyelők munkájukat az ÁHT 39. §, illetve az Ávr. 61. § szerint szakmailag függetlenül látják el. A költségvetési felügyelő határozott időtartamra szóló megbízásáról és a megbízás visszavonásáról az államháztartásért felelős miniszter gondoskodik. A költségvetési felügyelők tevékenységének szakmai irányítását a Pénzügyminisztérium helyettes államtitkára végzi a minisztérium hatályos SZMSZ-e szerint.
A munkáltatói jogokat a Magyar Államkincstár elnöke gyakorolja.

A költségvetési felügyelő intézménye 2010-ben két korábbi rendszer egyesítése révén jött létre: a kincstári biztosok főként az adósságra figyeltek, a fejezetekhez kirendelt kincstárnokok pedig a közpénzek hatékony költését és a szabályszerű gazdálkodást tartották szem előtt.

Az elmúlt években a felügyelők számtalan intézménynél folytatták tevékenységüket az államigazgatás különböző területein. Így a felsőoktatásban, a közoktatásban, az egészségügyben, a kultúrában és egyéb ágazatokban is. Az évek során kereken 100 intézménynél dolgozott kirendelt költségvetési felügyelő.

A költségvetési felügyelők feladata a gazdálkodással kapcsolatos belső szabályzatok, a gazdálkodással összefüggő intézkedések, valamint a kötelezettségvállalásra irányuló eljárások előzetes véleményezése. Tevékenységük célja a közpénzfelhasználás hatékonyságának, szabályszerűségének és átláthatóságának javítása.