A Kincstár központi szerve a Magyar Államkincstár Központ, melynek szervezeti egységei:
Elnöki Kabinet
Belső Ellenőrzési Főosztály
Transzformációs Iroda
Adatvagyon-gazdálkodási és Üzleti Intelligencia Megoldások Főosztálya
Az államháztartási és pénzforgalmi szolgáltatásokért felelős elnökhelyettes irányítása alá tartozó szervezeti egységek:
Államháztartási Számviteli Főosztály
Alapok és Közalapítványok Főosztálya
Költségvetési Fejezetek Főosztálya
Államháztartási Összefoglaló és Adatszolgáltatási Főosztály
Járadékokat és Viszontgaranciákat Kezelő Főosztály
A pénzforgalmi szolgáltatásokért felelős igazgató irányítása alá tartozó szervezeti egységek:
Pénzforgalmi Főosztály
EU Támogatások Elszámolási Főosztály
EU Támogatások Szabályossági Főosztály
Az állampapír forgalmazásért felelős igazgató irányítása alá tartozó szervezeti egységek:
Állampapír Forgalmazási Főosztály
A hálózatirányításért felelős elnökhelyettes irányítása alá tartozó szervezeti egységek:
Önkormányzati Főosztály
Önkormányzati ASP Alkalmazásokat Támogató Főosztály
Önkormányzati Pénzügyi Szabályszerűségi Ellenőrzési Főosztály
Illetményszámfejtési igazgató irányítása alá tartozó szervezeti egységek:
Illetményszámfejtési Főosztály
Elszámolási és Lebonyolítási Főosztály
Illetményszámfejtési Központ
Az informatikai elnökhelyettes irányítása alá tartozó szervezeti egységek:
Az informatikai infrastruktúráért felelős igazgató irányítása alá tartozó szervezeti egységek:
Informatikai Alapinfrastruktúra Szolgáltatások Főosztály
Informatikai Támogató és Infrastruktúra Főosztály
Informatikai Szolgáltatásmenedzsment Főosztály
Az informatikai szakrendszerekért felelős igazgató irányítása alá tartozó szervezeti egységek:
Támogatási és Számfejtő Rendszerek Informatikai Főosztály
Tbcst és Nyugdíjfolyósítási Informatikai Főosztály
Mezőgazdasági és Vidékfejlesztési Informatikai Főosztály
Pénzforgalmi Alkalmazásokat Támogató Főosztály
Az informatikai beszerzésekért és projektekért felelős igazgató irányítása alá tartozó szervezeti egységek:
Informatikai Beszerzés-előkészítési és Kontrolling Főosztály
Informatikai Tervezési és Felügyeleti Főosztály
Informatikai Stratégiai Főosztály
A mezőgazdasági és vidékfejlesztési támogatásokért felelős elnökhelyettes irányítása alá tartozó szervezeti egységek:
A KAP és a nemzeti agrártámogatási feladatok végrehajtásáért felelős igazgató irányítása alá tartozó szervezeti egységek:
Piaci és Nemzeti Támogatások Főosztálya
Vidékfejlesztési Támogatások Főosztálya
Közvetlen Támogatások Főosztálya
Helyszíni Ellenőrzési Főosztály
A horizontális feladatok végrehajtásáért felelős igazgató irányítása alá tartozó szervezeti egységek:
Horizontális Ügyekért Felelős Főosztály
Mezőgazdasági és Vidékfejlesztési Támogatások Pénzügyi Főosztálya
Fejlesztéskoordinációs és Módszertani Főosztály
Ügyfélszolgálati és Átruházott Feladatok Monitoring Főosztály
Kifizető Ügynökségi EU Koordinációs Főosztály
Mezőgazdasági és Vidékfejlesztési Szakigazgatási Főosztály
A támogatási igazgató irányítása alá tartozó szervezeti egységek:
EU Támogatási Főosztály
Támogatásokat Közvetítő Főosztály
Biztonsági Főosztály
A lakossági szolgáltatásokért felelős elnökhelyettes irányítása alá tartozó szervezeti egységek:
A társadalombiztosítási és családtámogatási igazgató irányítása alá tartozó szervezeti egységek:
Nyugdíjbiztosítási Szakigazgatási Főosztály
Ellátási, Felügyeleti és Méltányossági Főosztály
Nyugdíjbiztosítási Folyamat- és Ügyvitelszervezési Főosztály
Családtámogatási és Egészségbiztosítási Főosztály
Szociális Ellátások Főosztálya
Társadalombiztosítási és Családtámogatási Követeléskezelési Főosztály
Társadalombiztosítási és Családtámogatási Szakfelügyeleti Főosztály
Nyugdíjfolyósító Igazgatóság
Ügyfélkapcsolati és Folyósítás-koordinációs Főosztály
Központi Dokumentációs Szolgáltatások Főosztálya
Elszámolási és Számfejtési Főosztály
Igényelbíráló Főosztály
Folyósítási Igazgatóhelyettes
Nyugdíjindítási Főosztály
I. Folyósítási Főosztály
II. Folyósítási Főosztály
III. Folyósítási Főosztály
Nemzetközi és Speciális Folyósítási Főosztály
A jogi és igazgatási igazgató irányítása alá tartozó szervezeti egységek:
Jogi Főosztály
Szabályozási és Koordinációs Főosztály
Közbeszerzési és Beszerzési Főosztály
A gazdasági főigazgató irányítása alá tartozó szervezeti egységek:
Pénzügyi és Számviteli Főosztály
Költségvetési és Gazdálkodási Főosztály
Társadalombiztosítási Pénzellátások Alapkezelési Főosztálya
Vagyongazdálkodási és Ellátási Főosztály
Műszaki és Logisztikai Főosztály
A humánpolitikai igazgató irányítása alá tartozó szervezeti egységek:
Humánpolitikai Főosztály
Szervezetfejlesztési Főosztály