Az Igazgatóságoknak az önkormányzatok központi költségvetésből származó támogatásai és hozzájárulásai év végi elszámolásának (beszámoló) szabályszerűségére irányuló felülvizsgálatot tárgyévet követő év szeptember 30-ig - kell megkezdeniük. A felülvizsgálat során figyelembe kell venniük az Állami Számvevőszék jelentéseit is, az önkormányzatot megillető, pótlólagos költségvetési támogatások, illetve a jogtalanul igénybe vett és az Állami Számvevőszék megállapítására vissza nem fizetett költségvetési támogatások esetében. A felülvizsgálat alapvetően a rendelkezésére álló iratok és az igazgatóság saját nyilvántartási adatainak felhasználásával történik, de helyszíni ellenőrzésre is sor kerülhet. Egy önkormányzatnál helyszíni és az igazgatóságon rendelkezésre álló információk alapján együttesen is elvégezhető a felülvizsgálat.

Az egyes állami támogatási jogcímek elszámolásának felülvizsgálati szempontjai Segédletben kerülnek közzétételre.